Deník N – rozumět lépe světu

Deník N

Sledování mutací koronaviru v Česku vázne, využívá se jen zlomek přístrojů. Vědci nabízejí státu pomoc

Ilustrační foto: Gabriel Kuchta, Deník N
Ilustrační foto: Gabriel Kuchta, Deník N

V českých laboratořích je zhruba 150 přístrojů sekvenátorů, které mohou potvrdit jak výskyt tzv. britské mutace, tak i dalších, mnohdy nebezpečnějších mutací koronaviru. Čtení genetické informace viru, a tím pádem i odhalování mutací se ve větším množství ale nyní provádí jen ve dvou laboratořích, v pražské Národní referenční laboratoři a brněnském CEITEC. Vědci přitom nabízejí státu své kapacity. Tým ministerstva zdravotnictví nyní řeší, jak věc provést. Takzvaná britská varianta se totiž v Česku šíří stále rychleji.

Kompletní audioverze článků jsou dostupné v rámci klubového předplatného společně s aplikací Deníku N, která umožňuje i offline poslech. Pokud ji ještě nemáte, nainstalujte si ji do svého mobilu.

Plné znění audioverzí článků je dostupné pouze pro předplatitele Klubu N. Upgradujte své předplatné.

Plné znění audioverzí článků je dostupné pouze pro předplatitele Klubu N. Předplaťte si ho také.

Příkladem může být Ústecký kraj. Tamní krajská hygienická stanice má ke čtvrtku podezření na tzv. britskou mutaci už u 120 lidí, kteří podstoupili klasické PCR testy. „Jsou z různých rodin či pracovišť, nikdo z nich necestoval,“ řekla Deníku N šéfka krajské hygienické stanice Lenka Šimůnková.

Takzvaná britská mutace, jinak nazvaná B.1.1.7, je varianta viru SARS-CoV-2, která byla objevena loni v září v jižní Anglii. Dnes je rozšířena víceméně po celém světě. Od předchozí varianty se liší tím, že je nakažlivější. Podle dosavadních dat nevede k vážnějšímu průběhu nemoci, v tomto směru se nemění nic, ale dokáže za stejných podmínek šíření nakazit více lidí, podle odborníků možná až o čtyřicet až padesát procent.

O den dříve přitom kraj evidoval 99 vzorků s podezřením na tzv. britskou variantu. Všechny tyto nálezy nahlásila hygieně laboratoř Prevedig, která zpracovává vzorky z okresu Teplice, Ústí nad Labem, Chomutov a Louny.

Že se může jednat o tzv. britskou mutaci koronaviru, zjistila laboratoř díky druhu PCR diagnostiky, kterou běžně používá – některé testovací sady totiž kromě informace o pozitivitě nebo negativitě nakaženého také dokážou říct, jestli se člověk nakazil právě touto variantou viru.

Když má laboratoř takové podezření, posílá vzorky k finálnímu potvrzení do Prahy, do Národní referenční laboratoře při Státním zdravotním ústavu. Právě tam putují podezřelé vzorky z celého Česka. Laboratoř detailně přečte genetický kód viru – provede takzvanou sekvenaci – a pak může s jistotou říct, že se jedná o některou z mutací.

Na toto potvrzení zatím ústecká hygiena čeká, centrální laboratoř čelí náporu vzorků k osekvenování. „Všechny tyto (podezřelé) případy ale nyní šetříme jako více infekční,“ vysvětluje postup ústecké krajské hygieny ředitelka Lenka Šimůnková. „To znamená, že za rizikové kontakty považujeme i ty, které s pozitivní osobou strávily kratší dobu než 15 minut, i když měly roušku či respirátor nebo byl rozestup větší než dva metry,“ dodává.

Až sto padesát přístrojů

V postupu odhalování tzv. britské mutace v Česku ale zatím není jednotný systém. Zjistit přímo z klasického výtěru z nosohltanu, kterým se primárně zjišťuje negativita nebo pozitivita, zda má člověk zrovna tuto mutaci koronaviru, dokážou jen větší laboratoře. Ty, které využívají speciální diagnostiku (například české firmy Diana Biotechnologies). Jde zhruba o čtvrtinu laboratorní kapacity v Česku.

Státní zdravotní ústav zatím pouze vydal doporučení, které PCR soupravy mohou laboratoře k odhalení britské mutace používat. Pokud ale testy odhalí, že by mohlo jít o britskou mutaci, statistiky ji vedou v kolonce „podezřelé“.

Finální ověření zmíněnou sekvenací pak už provádí pouze Národní referenční laboratoř, která je nyní zavalená vzorky z různých krajů. S malým množstvím vzorků pomáhá také brněnské výzkumné vědecké centrum CEITEC.

Přitom nejsou jedinými laboratořemi v Česku, které umí přečíst genetickou informaci viru. Naopak, sekvenátorů, tedy přístrojů používaných pro sekvenaci, je v Česku sto až sto padesát. Deníku N to řekl Petr Kvapil, šéf Institutu aplikovaných biotechnologií a majitel firmy GeneTiCa, která v Česku distribuuje sekvenátory od dominantního výrobce Illumina, který ovládá celosvětově asi 95 procent trhu.

„Kapacita každého ze sekvenátorů v Česku, i toho nejmenšího, je dostatečná k tomu, aby se tady sekvenovala kvanta vzorků. Problém není v technologii, ale v tom, že ta procedura stojí nějakou sumu,“ vysvětluje Kvapil.

A poukazuje na Německo, kde je nyní stanovena jednotná cena za sekvenaci jednoho vzorku, konkrétně 200 eur, tedy zhruba 5400 korun.

„Za jeden PCR test zdravotní pojišťovna nyní (v Česku) laboratoři zaplatí zhruba 1100 korun, donedávna platila cca 1700. Z tohoto vzorku mohu pak zároveň sekvenovat. Počítám-li tedy 5400 Kč za sekvenaci, což je ta cena v Německu, tak je to pětkrát dražší než za samotný test. Dostanu ale komplexní informaci o viru a není to třeba dělat opravdu masivně,“ popisuje Kvapil. Promyšlenou strategii „čtení“ genetické informace viru údajně prosazoval už loni na jaře jako jeden z členů poradní skupiny ministerstva zdravotnictví.

V Česku by podle něj stačilo sekvenovat zhruba tisíc vzorků měsíčně. Je ale třeba, aby byla tato činnost centrálně koordinovaná na národní úrovni. Podle Kvapila nestačí pouze sekvenovat vzorky, výsledky se musí pravidelně analyzovat a především se s těmito analýzami musí dál pracovat.

Další překážkou masivnějšího sekvenování mohou být i lidské kapacity. „Musíte mít na to vzdělané a zkušené lidi, kteří připraví vzorky, je to relativně složitá záležitost, pak musíte mít někoho, kdo udělá informatickou analýzu dat, která sekvenací získáte,“ vysvětluje Kvapil. V Česku nicméně podle něj odborníci nechybí, problémem ale zároveň je, že „řada laboratoří se sekvenátory jsou státní instituce, a jestliže žijí z grantů, mají grantové peníze a nemohou ty grantové peníze použít na něco jiného. Nemohou platit sekvenování z vlastní kapsy. Pokud mají grant na onkologický projekt, nemohou z tohoto grantu vzít peníze a začít sekvenovat koronavirus, to nejde“.

Vědci opět nabízejí pomoc

Podobně jako ostatní oslovení odborníci tedy upozorňuje, že Česko nemá malý potenciál pro odhalování mutací, chybí ale jednotný pokyn a peníze, které by celou proceduru pokryly. Například sousední Německo sekvenuje deset procent všech odebraných vzorků, v Česku jsou to zatím pouze jednotky promile.

Stejně jako loni na jaře ale nabízejí státu pomocnou ruku akademici, kteří ve svých laboratořích sekvenátory mají. „Řada vědců včetně mě pomoc nabídla, teď se ale jedná o tom, jak to provést,“ potvrdil Deníku N biochemik Jan Konvalinka z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR a z Univerzity Karlovy.

„Problém není vlastní sekvenování, podobně jako loni na jaře nebyl problém vlastní PCR. Ale musí se vyřešit, jak vzorky vybrat, zpracovat, jak je odeslat a zavést do informačního systému, aby to dávalo smysl. Na tom se teď pracuje, jedná o tom laboratorní skupina při ministerstvu zdravotnictví,“ popsal Konvalinka.

Že se hledá řešení, potvrdila i mluvčí Státního zdravotního ústavu Klára Doláková. „Nebojte se, víme to a teď to tady dáváme dohromady,“ ujišťuje. „Ta struktura je trošku složitější, je to systém, který je nový a který se teď nějakým způsobem staví,“ dodává.

Potvrzování jde pomalu

Laboratoře zatím odesílají vzorky k sekvenaci do Národní referenční laboratoře (NRL) především na základě rozhodnutí epidemiologů či lékařů, jak potvrdila redakci Markéta Tomšíčková, vedoucí mikrobiologické laboratoře Prevedig.

„My sami nerozhodujeme, že je podezření třeba na ohnisko, to rozhodnou epidemiologové nebo ošetřující lékaři nebo ti, co mají pacienty pak v péči. My jen vyjadřujeme podezření, že by tam mohla být ta britská mutace. Nebo jsme v kontaktu s Národní referenční laboratoří a ta mi řekne: ‚podívejte se, ještě nemám zmapovanou tuto oblast, pokud byste měli podezření, že v této oblasti se vám něco vyskytne, tak mi to pošlete‘.“

Tomšíčková zároveň potvrzuje, že Národní referenční laboratoř vzorky nestíhá vyhodnocovat.

Dalším problémem pak podle ní je i to, že epidemiologové si svou oblast sice hlídají, pokud tam ale žádná laboratoř nepoužívá náležité diagnostické kity, v průběhu PCR testování se tam podezření na přítomnost britské mutace vůbec neprokáže. Epidemiologové tedy mnohdy musí jednat až na základě reálné situace rychle se šířící nákazy.

„Jako se to teď stalo (v nemocnici) ve Slaném, že jim to tam prostě bouchlo během strašně krátkého okamžiku. Pak samozřejmě epidemiologové vidí, že je tam podezření, mohou si vyžádat vzorky a poslat je na sekvenaci,“ vysvětluje Tomšíčková.

Po sekvenaci obdrží laboratoře kopie výsledků, které si NRL podle Tomšíčkové sama zanalyzuje, a zpětnou vazbu pak pošle také ošetřujícím lékařům a epidemiologům.

Národní referenční laboratoř ale sekvenuje (spolu se Státním veterinárním ústavem) relativně pomalu. Podle pátečních údajů ministerstva zdravotnictví zaznamenaly laboratoře v Česku podezření na britskou mutaci u celkem 355 případů, speciální analýza na její výskyt se dělala jen u několika stovek vzorků. Přestože každý den udělají tuzemské laboratoře metodou PCR téměř 30 tisíc testů, odchází na sekvenaci (analýzu viru speciální metodou) britské mutace pouze několik promile z nich.

Samotné sledování mutací nestačí

Vědci varují, že s postupným šířením mutací koronaviru bude sledování jejich výskytu na území Česka nabývat na důležitosti. Například sady firmy Diana Biotechnologies zatím jinou než britskou mutaci přímo odhalit neumí.

Trik v jejím odhalení totiž spočívá v tom, že česká firma navrhla systém pro detekci koronaviru ve vzorku ze stěru nebo ze slin tak, že sleduje dva nezávislé úseky ve dvou různých genech koronaviru. „Jeden gen jsme zvolili velmi konzervativní, který nemutuje, a jako druhý úsek genetické informace jsme si vybrali takzvaný spike protein, což je právě ten, kterým se virus váže na buňky a ve kterém se často vyskytují mutace,“ vysvětluje zakladatel a „vědecký mozek“ firmy Václav Navrátil.

„Výsledek PCR sady je zatím bohužel omezený, takže nyní nejsme schopni o brazilských či jihoafrických mutacích naším testem víceméně nic říct. Ale už připravujeme sady, které budou umět rozlišit i další varianty,“ předesílá Navrátil. Postupně se dostávají na trh i další sady, které dokážou odhalit různé mutace viru.

Jak ale vědci upozorňují, samotné sledování mutací viru nestačí. Klíčové je, aby pak dobře fungoval systém trasování a aby se změnily postupy pro karanténu nebo izolaci.

Hygienické stanice oslovené Deníkem N potvrdily, že už nyní přistupují k lidem s podezřením na tzv. britskou mutaci obezřetněji. „Snažíme se postupovat detailněji. Strávíme s nimi při telefonátu hodně času, opravdu se jich vyptáváme na veškeré kontakty,“ říká mluvčí středočeské hygieny Dana Šalamunová.

K dnešnímu dni má kraj potvrzených přímo Národní referenční laboratoří výskyt 35 případů britské mutace „Kromě okresu Mladá Boleslav a Rakovník je to ve všech okresech ve Středočeském kraji, vždy aspoň jeden dva případy. Co se týká ohnisek, žádné v této chvíli naštěstí nemáme, přenosy jsou většinou v rámci rodin a jsou to ojedinělé případy. Měli jsme případ nemocnice ve Slaném, nicméně tam máme zatím stále potvrzený pouze jeden případ, takže to bereme tak, že ohnisko nemáme, jsou to většinou rodinné výskyty,“ dodává Šalamunová.

Jedním z přetrvávajících problémů epidemie tak zůstává fakt, že nakažení lidé hlásí podle posledních dat Chytré karantény v průměru méně než jeden kontakt. Lidé z obavy z výpadku příjmů nechtějí chodit do karantény. Vláda stále neprojednala bonus pro lidi, kteří se kvůli prevenci šíření nemoci izolují, ČSSD chce navrhnout 250 korun za den.

Zůstaňte v obraze a sledujte nejčerstvější informace kolem koronaviru na jednom místě.

Koronavirus

Česko, Věda

V tomto okamžiku nejčtenější